โรงเรียนบ้านน้ำจุน ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 8 กรกฎาคม พ.ศ. 2501 เปิดทำการสอนตั้งแต่ระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 – 4 โดยการนำของนายหน่อ สิทธิภา ผู้ช่วยผู้ใหญ่บ้าน พร้อมด้วยราษฎรบ้านน้ำจุน โดยพร้อมกันจัดหาพื้นที่เพื่อจัดตั้งโรงเรียนขึ้น โดยมีนายเงิน ใจวังโลก ครูใหญ่โรงเรียนบ้านลอได้ให้การสนับสนุน ได้สำรวจนักเรียนที่เข้าเกณฑ์ในการเรียนเสนอต่อนายอำเภอและศึกษาธิการอำเภอเชียงคำ จนได้รับอนุญาตจากทางราชการให้จัดตั้งโรงเรียนบ้านน้ำจุนขึ้น บริเวณพื้นที่ของโรงเรียน มีอาณาเขต ดังนี้
ทิศเหนือ ยาว 3 เส้น 4 วา 2 ศอก ติดกับที่ดินของหมู่บ้านเรือนราษฎร
ทิศใต้ ยาว 3 เส้น 3 วา 1 ศอก ติดทางสาธารณะประโยชน์ของหมู่บ้าน
ทิศตะวันออก ยาว 2 เส้น 2 วา 2 ศอก ติดทางหลวงอำเภอจุน - อำเภอป่าแดด
ทิศตะวันตก ยาว 2 เส้น 2 วา 1 ศอก ติดกับทางสาธารณะประโยชน์ของหมู่บ้าน
มีพื้นที่ทั้งหมด 3 ไร่ - งาน "10" "9" /"10" ตารางวา
อาคารเรียนหลังแรกเป็นอาคารไม้พื้นถมดิน หลังคามุงด้วยหญ้าคา ฝาขัดแตงไม้ กว้าง 5 เมตร ยาว 10 เมตร แบ่งเป็น 2 ห้องเรียน โดยไม่ใช้งบประมาณของทางราชการ แต่งตั้งให้นายเงิน ใจวังโลก มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่เป้นคนแรก เมื่อวันที่ 9 กรกฎาคม พ.ศ. 2501 มีนักเรียนรวมทั้งหมด 28 คน